Unutrašnje uređenje i rad Višeg suda u Šapcu reguliše se Sudskim poslovnikom, a njegovom primenom obezbeđuje se uredno i blagovremeno obavljanje poslova sudske uprave i drugih poslova važnih za unutrašnju organizaciju i rad suda.
Organizacione jedinice:
1. Sudska uprava
2. Pisarnica
3. Služba za informatiku i analitiku
4. Računovodstvo
5. Daktilo-biro
6. Tehnička služba